Mezi lety 1940 a 1945 zemřelo ve věznici Gestapa v Malé pevnosti přibližně 2 500 vězňů. Mezi 250 (dokázanými) a 300 z nich bylo popraveno nebo ubito.
Historici se domnívají, že téměř žádné z těchto úmrtí ve věznici Gestapa nelze označit za přirozené.
Do října 1942 prováděla většinu pohřbů vězňů firma Bobak. Poté začalo fungovat krematorium na židovském hřbitově v Terezíně. Mrtví nebo popravení byli převážně židovskými vězni převezeni do márnice Malé pevnosti, která se nacházela za Schleusenbrücke a pod zahradnictvím. Zde musely být mrtvoly svlečeny a prohledány. Pod dohledem příslušníka SS Rojka jim byly odstraněny zlaté zuby.
V noci byly mrtvoly převezeny do krematoria a spáleny. Při spalování byli často přítomni dozorci Malé pevnosti (jako v případě dětí z Bělostoku). Vzhledem k tomu, že spalování bylo v únoru 1945 zastaveno, byly mrtvoly následně pohřbívány v hromadných hrobech, mimo jiné v přední části Malé pevnosti (stejně jako oběti popravy ze dne 2. května 1945).
