Na jaře 1942 se velení ghetta rozhodlo postavit krematorium. Hřbitov, který se nacházel v prohlubni, byl ohrožen spodní vodou a těla byla často ukládána do stojaté spodní vody. SS se obávaly kontaminace podzemních vod. Vězni z ghetta prováděli stavební práce od 4. května do 7. září 1942 sami. Pece vyráběla společnost Ignis Hüttenbau A. G. z Teplitz-Schönau. Čtyři spalovací pece, které byly vytápěny naftou, zabírají střed budovy. V přední místnosti se ukládaly rakve s mrtvými, vedle byla pitevna. V přístavbě hlavní budovy se nacházely nezbytné pomocné místnosti pro dozorce, kteří zde měli stálou službu, a pro pracovníky krematoria. V době nejvyšší úmrtnosti zde pracovalo 18 lidí na denní a noční směny. Velitel čety Haindl často dohlížel na provoz krematoria a velitelé také často kontrolovali průběh prací v krematoriu.
Po dokončení bylo krematorium postupně uváděno do provozu a v říjnu již pracovaly všechny čtyři pece s kapacitou 180 mrtvol denně. Během této doby zemřelo denně asi 120 vězňů; o měsíc dříve (v září 1942) zemřelo v ghettu celkem 3941 lidí.
Vězni, kteří měli v krematoriu službu, strčili tělo na desce (spodní část rakve) do spalovací pece. V pitevně se v mnoha případech pokoušeli určit příčinu úmrtí. Dělníci museli v popelu hledat úlomky zlata (zubní korunky a protézy), sbírat je a odevzdávat velitelství SS.
O průběhu kremace se vedly denní záznamy a popel se sypal do kartonových krabic označených údaji o zesnulém (jméno, číslo transportu, číslo kremace). Urny pak mohly být uloženy v krematoriu. Kolumbárium se nacházelo naproti obřadním místnostem ghetta. Na dřevěných policích tu vedle sebe stály tisíce uren. Do vnitřku kolumbária vězni vstupovat nesměli.
V krematoriu však byli spalováni nejen mrtví z ghetta, ale také oběti z Malé pevnosti a koncentračního tábora > Richard u Litoměřic, dokud zde nebylo v dubnu 1945 otevřeno vlastní krematorium. Na kremaci mrtvých z Malé pevnosti dohlíželi dozorci z věznice gestapa, aby vězni pracující v krematoriu nemohli mrtvé poznat. Často byli „dodáváni“ v pytlích, z nichž ještě vytékala krev, což svědčilo o tom, že zemřeli násilnou smrtí.
Podle evidence, kterou si vězni pečlivě vedli, bylo v tomto krematoriu zpopelněno asi 30 000 lidí.
Dnes je krematorium památníkem a je přístupné návštěvníkům. Bylo značně poškozeno srpnovými povodněmi v roce 2002, po vynaložení značného úsilí se však podařilo je zrekonstruovat.
Nápis ve vestibulu krematoria
Ve vestibulu krematoria, nad vchodem do vlastní kremační místnosti, je černým hebrejským písmem napsán následující text, který byl pravděpodobně připevněn až po osvobození: „Bůh dal, Bůh vzal. Nechť slaveno jest jméno jeho. Jaká škoda pro ty, kteří zemřeli, i pro ty, kteří zůstali.
