Na konci roku 1938 napsal Krása své nejznámější a dnes nejčastěji uváděné dílo, dětskou operu „Brundibár“ ve stylu Brechtova „Lehrstücku“. Učení se neomezuje na jednající postavy nebo diváky, učit by se měli především samotní hrající. Opera byla anonymně přihlášena do soutěže pořádané ministerstvem školství. „Brundibár“ se zaměřuje na solidaritu komunity s jednotlivcem.
Na zkoušku ohněm si Krása se svou operou „Brundibár“ musel počkat pět let a ta se pak konala za zcela jiných podmínek. Soutěž již nebyla organizována kvůli německé invazi v březnu 1939. Od té doby už Krása nesměl působit na veřejnosti.
Krása byl 10. srpna 1942 deportován do Terezína. Zde stál v čele organizace kulturního života. Stal se vedoucím hudební sekce „Freizeitgestaltung“ a složil cyklus písní na motivy Rimbauda a skladby pro orchestr. Nemohl vědět, že jeho operu „Brundibár“ mezitím uvedl Rudolf Freudenfeld se skromnými prostředky v pražském židovském sirotčinci.
Freudenfeld byl poté v červenci 1943 poslán do Terezína. Předal Krásovi klavírní výtah, který propašoval kontrolou. Poté byly do Terezína převezeny děti z pražského židovského sirotčince, z nichž mnohé již znaly své role z pražského nastudování. Když se podařilo využít i dekorace z pražského uvedení, byly všechny podmínky pro uvedení v táboře splněny. Na základě nyní dostupného klavírního výtahu vytvořil Krása novou komorní instrumentaci, jejíž nástrojové požadavky mohl svěřit vysoké úrovni hudebníků vězněných s ním v Terezíně. První z více než 50 představení se konalo 23. srpna 1943 na půdě Magdeburských kasáren.
Poté, co byl „Brundibár“ dvakrát použit k propagandistickým účelům v Terezíně - při nařízeném provedení u příležitosti inspekce tábora komisí Mezinárodního červeného kříže (23. června 1944) a v srpnu při natáčení propagandistického filmu „Terezín - dokumentární film z oblasti židovského osídlení“, který nebyl nikdy dokončen a odeslán na místo určení, splnil skladatel svůj účel pro ty, kteří byli u moci. Kulturní život v Terezíně, který trval přibližně dva a půl roku, se prakticky zastavil se zahájením podzimních transportů do Osvětimi (28. září 1944): kromě Krásy se 16. října 1944 stalo obětí transportu 1 000 osob, také skladatelé Haas, Klein a Ullmann.
Dagmar Lieblová se zúčastnila představení „Brundibár“ a vypráví, jaký význam pro ni uvedení opery mělo.
