Národní hřbitov se nachází na ploše mezi alejí vedoucí k hlavnímu vchodu do Malé pevnosti a silnicí do Doksan (bývalá E55).
Dne 16. září 1945 bylo na tomto místě pohřbeno 601 obětí věznice gestapa, které byly exhumovány z hromadných hrobů, a to formou národního pohřbu. To byl základní kámen pro vznik národního hřbitova v Terezíně. Do roku 1958 byly exhumované ostatky vězňů z Terezína, Litoměřic a Lovosic převezeny na národní hřbitov a zde pohřbeny. Na hřbitově jsou pohřbeny oběti věznice gestapa, ghetta a koncentračního tábora „Richard“ v Litoměřicích.
Zpočátku to byly jednoduché dřevěné kříže, dnes jsou to ploché náhrobky zasazené do země, uspořádané v řadách, které se od Malé pevnosti směrem k městu zužují jako trojúhelník. Mezi náhrobky, na nichž je napsáno matriční číslo nebo jméno zemřelého, datum narození a datum úmrtí, stojí malý růžový keř.
Na hřbitově se nachází asi 3000 jednotlivých hrobů, na delší pravé straně pak hromadné hroby vyznačující se vysokým betonovým soklem. Uprostřed hřbitova se nachází centrální pamětní kámen připomínající poslední hromadnou popravu ve věznici gestapa (2. května 1945): 52 lidí) a na které ještě před několika lety Julius Fučík říkal „Lidé bděte“. Na národním hřbitově je pravděpodobně pohřbeno celkem asi 10 000 osob.
V roce 1945 byl v horní třetině hřbitova vztyčen velký dřevěný kříž.
Po nástupu komunistů k moci v roce 1948 byl tento dřevěný kříž jako křesťanský symbol odstraněn. V polovině 90. let 20. století byl kříž z iniciativy litoměřického biskupa znovu vztyčen uprostřed hřbitova. To vyvolalo nelibost mnoha židovských návštěvníků, protože hřbitov je také místem odpočinku mnoha židovských obětí.
Z tohoto důvodu byl krátce nato na vrcholu hřbitova vztyčen Davidův štít. Kříž a Davidův štít jsou dnes dominantou hřbitova. Nikdo dosud nekritizoval skutečnost, že na pohřebních deskách židovských obětí na hřbitově je před datem úmrtí do bronzové desky vsazen kříž místo Magen David.
Z nápisů vyplývá, že je zde pohřbeno mnoho lidí, kteří zemřeli po osvobození v důsledku epidemie skvrnitého tyfu. Najdeme zde mnoho německy znějících židovských jmen. Na náhrobcích nejsou květiny, ale kameny.
