Schächter se narodil v roce 1905 v Braile v Rumunsku. Od roku 1919 však žil v Brně, kde studoval klavír a skladbu na konzervatoři.
Později se přestěhoval do Prahy, kde navštěvoval mistrovskou školu a dokončil studium klavíru. Dirigentské vzdělání získal u Pavla Dědečka. V roce 1934 nastoupil do divadla E. F. Buriana, od roku 1937 řídil Komorní hry.
Do Terezína byl deportován 30. listopadu 1941 (transport číslo H/128).
V Ghettu založil pěvecký sbor a nacvičil například Smetanovu Prodanou nevěstu, české a Mozartovy opery. Jako klavírní doprovod se podílel na mnoha hudebních akcích. Zorganizoval a nacvičil mnoho hudebních děl, včetně Verdiho Requiem. Schächter byl 16. října 1944 deportován do Osvětimi pod číslem 943. Během evakuace koncentračního tábora Osvětim zemřel Schächter na jednom z pochodů smrti.
Milan Kuna píše:
„Smetanova Prodaná nevěsta byla první operou, která demonstrativně naznačila, jak postupovat na poli kultury. Nastudoval ji Rafael Schächter (...), umělecky a organizačně mimořádně schopný dirigent. Na podzim 1942 dirigoval Smetanovu operu z poškozeného klavíru umístěného na bednách. Sbory a sólisty doprovázel pomocí klavírní partitury, kterou někdo propašoval do ghetta s 50ikilovým zavazadlem. Prodaná nevěsta udělala na všechny velký dojem. Egon Redlich napsal o premiéře opery v Terezíně: „25. 11. 1942 - středa: ...Dnes mléko v hrnci zamrzlo. Nebezpečná zima. Děti se nesvlékají, a tak se vši jen množí. Dnes měla premiéru Prodaná nevěsta. Bylo to nejkrásnější představení, které jsem tu viděl. Ale i ostatní představení byla tak působivá, že si je nikdo nechtěl nechat ujít. Mladý spisovatel Ivan Klíma byl také okouzlen „terezínskou“ Prodanou nevěstou. Ve své brožuře „Jak přežít prosperitu“ nám připomíná: '...viděl jsem představení Prodané nevěsty na půdě kasáren. Představení v malé, vyhřáté místnosti, bez kostýmů, bez orchestru, jen za doprovodu starého klavíru - zážitek byl mnohem silnější než v běžném životě, lidé poslouchali zcela okouzleni, mnozí plakali... vše, co bylo nějak spojeno s uměním, lidi povznášelo, povznášelo je nad hrůzy táborového života, vytrhávalo je ze strachu, který je pronásledoval na každém kroku. Rafael Schächter a jeho ansámbl amatérských i profesionálních zpěváků byli neuvěřitelně pracovití: K nastudování opery často stačily pouhé dva měsíce. Po Smetanově opeře Prodaná nevěsta následovaly Mozartovy opery Figarova svatba a Kouzelná flétna a Smetanova Hubička.
Vrcholem kulturního života v Terezíně bylo Verdiho Requiem.
Význam jeho vystoupení sahal daleko za zdi terezínské pevnosti. Teprve silné, takříkajíc fantastické nasazení Rafaela Schächtera pro krásu tohoto díla způsobilo, že se hudba italského mistra objevila na repertoáru českého sboru.
Proč tato katolická zádušní mše právě v židovském Terezíně tak mimořádně zapůsobila? Rafael Schächter musel bojovat proti vězněným intelektuálům, kteří se v rozporu s jeho názorem snažili prosadit oratorní skladby s židovskou tematikou, protože kde jinde než v Terezíně by se tato jinde zakázaná díla mohla interpretovat? Schächter však prozíravě rozpoznal, že i zde, v koncentračním táboře pro Židy, je třeba ukázat souvislost mezi kulturními snahami židovských umělců a kulturní tradicí Západu, která vzešla z křesťanství. Při zpěvu Verdiho Mše smrti a vykoupení se křesťané a Židé spojili ve společném boji proti Hitlerově tyranii. Měla to být vzpomínková bohoslužba za všechny oběti tohoto strašného boje s nacistickou hydrou. Legenda praví, že Adolf Eichmann nutil vězněné Židy zpívat toto dílo jako sarkastický výsměch všem přirozeným etickým normám života s úmyslem, aby Židé zpívali své vlastní rekviem. A skutečně, po premiéře bylo všech sto dvacet členů Schächterova sboru, kteří se zúčastnili nastudování tohoto díla, převezeno do plynové komory. Za nimi zůstal pouze dirigent a sóloví zpěváci. Schächter pak s vášnivým odhodláním dílo znovu nastudoval s dalšími sto dvaceti zpěváky. Několik týdnů po vystoupení byl i tento sbor deportován do vyhlazovacího tábora. Byla tato nádherná kompozice prokletá, nebo ji někdo na pozadí řídil? Rafael Schächter nastudoval Requiem potřetí, ale nepodařilo se mu pro něj zajistit více než šedesát zpěváků. Realita života se prolínala s Eichmannovou legendou! Lidé odsouzení k záhubě zpívali svou vlastní zádušní mši! Když však do Terezína přijela delegace Mezinárodního výboru Červeného kříže v doprovodu důstojníků SS, aby se „přesvědčila“, že Židé zde žijí v relativním blahobytu, zazpíval jim Schächterův sbor přímo do tváře slavnou „Dies irae“! Možná, že budoucnost tento čin pochopí a Bůh bude soudit ty, kteří způsobili toto utrpení vězňům a odsouzencům na smrt!
