Terezín byl sice „židovskou osadou“, ale protože nacistům nešlo o židovské vyznání, ale o vyhlazení židovské „rasy“, pronásledovali samozřejmě i křesťany různých vyznání, kteří sami nebo jejich předkové konvertovali. Žádné jiné ghetto kromě Terezína nemělo tak velkou křesťanskou menšinu. Důvodem byla pravděpodobně větší ochota středoevropských Židů přijímat křest a úřední hlediska, podle nichž byl výběr pro Terezín prováděn. Kromě římskokatolických křesťanů a protestantů zde byli příslušníci mnoha dalších církví a sekt. Lidé bez vyznání tuto skutečnost často utajovali, pravděpodobně také proto, že nepraktikující Židé mohli jen výjimečně zastávat vysoké funkce v hierarchii ghetta.
Počet „nežidovských Židů” v průběhu let rostl, ale do října 1943 chybí veškeré podklady. V té době činil podíl křesťanů asi 9 % a bez vyznání 6 %. Pro následující období jsou k dispozici přesnější čísla:
Skupiny, které nevyznávaly židovství, byly rozděleny takto:
Již 23. prosince 1941 bylo denním rozkazem oznámeno, že návštěva kostela není povolena, ale bohoslužby se mohou konat uvnitř budov.
Počet křesťanů různých vyznání, kteří byli do tábora posláni na základě nacistických rasových zákonů, vzrostl v roce 1945 až na 36 % vězňů. Ačkoli jim později nebyly kladeny téměř žádné překážky a byly jim přiděleny společenské místnosti, museli jako menšina usilovat o ospravedlnění své existence v židovském táboře prostřednictvím vážného náboženského života. Katolíci byli lépe organizovaní než sjednocené protestantské vyznání. Mezi katolíky vedli Vídeňané, mezi protestanty Holanďané. Katolíci nikdy neměli vysvěceného kněze, protestanti měli od září 1944 Holanďana. Pravidelně se konaly oslavy a bohoslužby velkých církevních svátků.
Leo Baeck podporoval mír mezi jednotlivými vyznáními a stojí za zmínku, že on, jemuž kulturní život v Terezíně tolik vděčil za jeho vlastní zásluhy a cenné rady, na žádost katolíků přednášel v jednom z jejich kruhů.
