Přesný počet poprav vykonaných v Malé pevnosti nelze určit, protože se obvykle prováděly bez soudního rozsudku, pouze na příkaz Gestapa (zvláštní zacházení) a často v noci a za mlhy. Bylo jich asi 250 až 300, nepočítaje počet vězňů, kteří byli ubití k smrti dozorci.
Jiné popravy, jako například popravy dětí z Bělostoku, nebyly zaznamenány.
Popravy se konaly převážně na staré vojenské střelnici ležící mezi hradbami. Obvykle je prováděli členové strážních jednotek, ale podíleli se na nich i dozorci.
Nebylo výjimkou, že vězni odsouzení k smrti byli před popravou mučeni. Esesáci, kteří tam sloužili, byli jakoby posedlí myšlenkou, že musí především židovským lidem dát pocítit jejich stigma. Odsouzení k smrti byli postaveni před hromadu písku, která sloužila jako ochrana před střelbou, před cihlovou zdí. Střelci popravčí čety leželi vedle sebe pod střechou, která je chránila před sluncem a deštěm. Často se stávalo, že příbuzní důstojníků sledovali popravy z valů tyčících se nad popravištěm (tzv. „balkon“). Pouze v jediném případě byla poprava provedena oběšením. Některé popravy se konaly za přítomnosti ostatních vězňů na IV. nádvoří. Jednalo se o uprchlé a znovu dopadené vězně.
První doloženou popravou je zastřelení komunisty Františka Prokoba dne 11. května 1943. Popravováni byli jak jednotlivci, tak členové odbojových skupin, členové západních nebo východních výsadkářských skupin a vězni převezení z ghetta za účelem potrestání.
Dne 4. listopadu 1944 bylo v rámci příbuzenské odpovědnosti popraveno devět příbuzných J. Kužely a J. Matičky, kteří se pokusili unést letadlo v rámci slovenského národního povstání. 28. září 1944 byl v Malé pevnosti zastřelen druhý židovský starší terezínského ghetta, Dr. Paul Eppstein. V rámci likvidace nevyléčitelně nemocných bylo ve věznici Gestapa zastřeleno několik osob. Znovu dopadení uprchlíci byli zpravidla popraveni nebo ubití dozorci. Výpovědi vězeňských lékařů z márnice ghetta uvádějí, že i nemocné děti z transportu z Bělostoku byly na začátku října 1944 zastřeleny v Malé pevnosti.
Poslední poprava se konala 2. května 1945 na popravišti mezi hradbami v jihovýchodní části pevnosti.
2. května přijeli do Terezína dva úředníci z pražského velitelství Gestapa. Na IV. nádvoří přečetli jména velkého počtu vězňů a vyzvali ty, kteří byli vyvoláni, aby opustili cely a dostavili se na „apelplac“. Vězni si nebyli jistí. Na jedné straně nedůvěřovali úředníkům Gestapa, na druhé straně věděli o blížícím se konci války a počítali s tím, že budou propuštěni. Z těch, kteří byli vyvoláni, se přihlásilo 49 převážně mladých mužů, kteří patřili k odbojové skupině Předvoj a ilegální KSČ. Ostatní se nepřihlásili a zůstali v přeplněných celách. Měli štěstí, protože SS se neodvážila vstoupit do cel obývaných nemocnými skvrnitým tyfem. 49 mladých mužů bylo spolu se třemi ženami odvedeno přímo na popraviště a tam zastřeleno. Jejich těla byla pohřbena před hradbami pevnosti a později převezena na jiné místo.
Jejich jména jsou vyryta na centrálním pamětním kameni uprostřed národního hřbitova:
- Jiří Balabán 15. března 1927
- František Bareš 13. listopadu 1920
- Karel Bartel 23. dubna 1925
- Jindřich Černock 16. ledna 1910
- Vojtěch Černý 26. dubna 1903
- Josef Česaný 13. října 1898
- Veronika Čiperová 16. března 1888
- Miloš Dlouhý 16. července 1918
- Jaroslav Dvořák 15. srpna 1925
- Jaroslav Fabián 20. července 1896
- František Hájek 11. února 1914
- Boleslav Hanipejs 3. února 1910
- Josef Hillebrant 5. června 1923
- Bohuslav Hanuš 19. února 1906
- Karel Hiršl 27. prosince 1922
- Vratislav Holát 3. července 1926
- Miroslav Hošek 22. dubna 1920
- Josef Huseny 31. října 1909
- František Janáček 25. října 1907
- Josef Janda 21. ledna 1894
- Rudolf Jasenský 19. prosince 1905
- František Kohout 19. října 1914
- Jan Kordík 6. října 1894
- Ladislav Kulhánek 17. června 1908
- Zdena Lachmanová 19. května 1920
- Jiří Langer 10. srpna 1916
- Miroslav Líva 16. srpna 1923
- Jan Moyzis 16. prosince 1920
- Jiří Novák 13. srpna 1919
- Antonín Pacovský 1. dubna 1920
- Miroslav Pajer 10. července 1927
- František Petrák 29. června 1898
- Bohumil Plevka 24. února 1891
- Emilian Romanenko 5. srpna 1890
- Antonín Rách 11. prosince 1897
- Alžběta Scharcová 9. prosince 1923
- Jindřich Burčina 9. prosince 1923
- Stanislav Bobolak 30. dubna 1922
- Jiří Staněk 11. března 1921
- Cestimír Sdrouhal 12. září 1924
- Jevgenij Sesták 23. května 1920
- František Šiška 3. listopadu 1910
- Jiří Tichý 26. září 1924
- Edmund Trachta 4. ledna 1902
- Miroslav Vajar 2. srpna 1919
- Sergej Vessenev 29. května 1916
- Jaromír Vosejpka 20. září 1913
- Arnošt Weidnek 27. října 1914
- Josef Zach 10. května 1904
- František Zachariáš 30. září 1904
- Josef Získá 1. května 1904
Popravy v ghettu
Ráno 10. ledna 1942 bylo v příkopech Ústeckých kasáren za přítomnosti velitele Seidla, jeho (opilého) zástupce Bergla, Sturmbannführera Günthera z Prahy a členů rady starších pověšeno 9 osob. Velitel tábora čte: „Na příkaz velitele bezpečnostní služby pro Čechy a Moravu jsou následující Židé odsouzeni k smrti oběšením za hanobení Německé říše...“ Jeden z odsouzených: „My se nebojíme, ale válku nevyhrajete.“ Šibenice musely být na příkaz velitele tábora postaveny židovskými řemeslníky, židovský starší byl pověřen zajištěním kata.
V čem spočívalo hanobení Německé říše? Jeden napsal dopis své babičce a požádal ji o jídlo, druhý si při nákupu malého perníku sundal židovskou hvězdu, což bylo vyloženo jako pokus o útěk. Třetí čekal na pracovní skupinu na dvoře kasáren, otočil se a přitom se loktem dotkl esesáka, který stál za ním, což bylo vyloženo jako fyzický útok.
26. února 1942 bylo dalších sedm mladých mužů pověšeno ze stejných důvodů a stejným způsobem.
Mezi osobami popravenými 10. ledna a 26. února 1942 byli:
- Jiří Grab, narozený v roce 1920 v Praze, svobodný, český občan
- Josef Gross, narozený v roce 1891 v Pselech, svobodný, český občan
- Jindřich Jetel, narozený v roce 1920 v Praze, ženatý, český občan
- Arnošt Levit, narozený v roce 1889 v Plzni, rozvedený, český občan
- Pavel Masařek, narozený v roce 1906 v Klatovech, ženatý, český občan
- Dr. Jaroslav Stránský, narozený v roce 1902 ve Vervarech, ženatý, český občan
- Julius Schiller, narozen v roce 1898 v Branovicích, svobodný, český občan
- Salomon Teichmann, nar. 1903 v Alsoverecha, svobodný, bez státní příslušnosti
- Ota Weinberg, narozen v roce 1920 v Hranicích, svobodný, český občan
- Rudolf Fantl, narozen v roce 1920 v Jindř. Hradci, svobodný, český občan
- Hanuš Federer, narozen v roce 1901 v Praze, svobodný, český občan
- Pavel Freud, narozen v roce 1922 v Trutnově, svobodný, český občan
- Karel Klein, nar. 1913 v Teplici-Schönau, svobodný, český občan
- Pavel Morgenstern, nar. 1921 v Hodoníně, svobodný, český občan
- Preisler, František, narozen v roce 1902 v Praze, ženatý, český občan
- Jindřich Winternitz, nar. 1922 v Drážďanech, svobodný, český občan
Těmito popravami chtělo SS dát od samého počátku jasně najevo, kdo je pánem v domě, a zastrašit lidi. Pokud nepočítáme vězně, kteří byli utýráni a ubiti v bunkru, nedošlo v ghettu k žádným dalším popravám. Odsouzenci na smrt byli převezeni do Malé pevnosti a tam popraveni.
Carlo Ross, který jako David Rosen prožil a přežil terezínské ghetto, ve své knize „Im Vorhof der Hölle“ (V předpeklí – vydavatel dtv Junior) popisuje, že na konci roku 1944 muselo na rozkaz SS 20 vybraných mužů vykopat těla obětí pohřbená na nádvoří Ústeckých kasáren. Půda byla vyrovnána, mrtvoly odvezeny na neznámé místo, 20 mužů deportováno do Malé pevnosti a tam okamžitě zastřeleno.
