Vězni věznice Gestapa byli povinni pracovat. V letech 1941–1942 byli využíváni především k práci uvnitř věznice, tedy uvnitř Malé pevnosti. Pracovali tak na šancích a v příkopech pevnosti, stříhali věčně bující keře růžového keře, kopali drenážní příkopy, které odvodňovaly příkopy pevnosti. Ještě v roce 1993 byly v příkopech u Pražské brány nalezeny do cihel vyryté nápisy vězňů, kteří zde museli pracovat. V zahradnictví severovýchodně od Malé pevnosti se pěstovaly květiny, ale i zelenina, na hradbách byly vysazeny morušové keře, jejichž odnože se dochovaly dodnes. Později byla vytvořena vnější komanda, která byla nasazována především v průmyslu, zemědělství, dopravě a v dole Richard u Litoměřic. Stavební komando, které v roce 1943 tvořilo asi 200 vězňů, vedl dozorce Soukup, který podle svědeckých výpovědí vězně systematicky mučil. Jedním z prvních projektů tohoto komanda byla v roce 1942 výstavba bazénu pro jednotky SS a dozorce s jejich rodinami. Kromě židovských vězňů byli členy tohoto pracovního komanda především uvěznění studenti z Roudnice. Mnoho vězňů zaplatilo za nelidské pracovní tempo, nedostatek pracovního materiálu a nástrojů a Soukupův sadismus životem.
Další pracovní skupina byla podle svého brutálního dozorce nazývána „Storchovo komando“. Toto komando bylo nasazována hlavně v zemědělství a při zemních pracích v Malé pevnosti nebo v její blízkosti. Storch s podporou několika kápů mučil a bil především židovské vězně. Mnoho členů jeho komanda utrpělo vážné zdravotní újmy nebo bylo zabito ranami. Miloš Bič, který byl zatčen z politických důvodů, vypráví: „Nějakou dobu jsem pracoval ve stavebním komandu hloupého a sadistického dozorce Soukupa. Připravovala se výstavba nových hromadných a samostatných cel na východní straně Malé pevnosti, kde vzniklo čtvrté nádvoří... (My) jsme museli tvrdě pracovat, na rozhovory nebyl čas... Nedaleko od nás pracovalo komando nechvalně známého Storcha, který nenáviděl Židy. Úkolem komanda bylo rozšířit a vyrovnat terén odstraněním části opevnění. Jednoho dne jsme v komandu viděli asi 15 nových židovských vězňů. Právě je přivezli z ghetta, kde se odhalila nějaká aféra... Spolu s Židy přišla také skupina uchazečů o členství v SS, pubertální, zlí hrubiáni. Bavili se tím, že nutili Židy pracovat v běhu. Běhat sem a tam po nerovném terénu s kolečky naloženými hlínou bylo pro lidi, kteří na takovou práci nebyli zvyklí, velmi těžké. Viděl jsem, jak se mladý Žid, který podle svého vzhledu v životě nikdy nedržel nic jiného než brk, snažil tlačit těžce naložené kolečko. Kolečko se převrátilo a náklad hlíny vypadl. Chlapec chtěl napravit svou chybu a rychle se snažil rukama naházet zeminu zpět do kolečka. Jeden esesák na němu přiskočil a přikázal mu, aby zeminu nakládal ústy. Esesáci se dlouho bavili tím, že se na to dívali, až zavolali jiného Žida, který naložil zeminu lopatou. Mezitím se ostatní esesáci bavili tím, že shazovali staršího Žida i s jeho kolečkem ze svahu, na který se vykládala zemina a kusy suti. Měli obrovskou radost, když viděli, jak se starý muž snaží s kolečkem znovu vyškrábat nahoru. Několik esesáků se postavilo na okraj svahu a pokaždé, když se téměř dostal nahoru, ho znovu shazovali dolů tím, že po něm házeli kusy cihel. Nakonec se mu podařilo dosáhnout okraje. Teď ale začala nová štvanice. Muži z SS ho používali jako živý terč pro své házení kamenů. Opakovaně ho zasahovali kusy cihel a tak ho trápili, až se nakonec v zoufalství vrhl dolů ze zdi, u jejíž paty jsme kopali základy pro budoucí cely. Spadl několik metrů hluboko a zůstal ležet před mýma nohama, pokrytý krví a v bezvědomí. V tu chvíli jsem viděl jen člověka, který byl možná těžce zraněný, slyšel jsem jeho chrčení. Nechápal jsem, že v očích SS byl jen „smradlavý Žid“. Odložil jsem proto lopatu a chtěl ho zvednout. Byl jsem však příliš slabý, abych zvedl bezvládného člověka, který ležel skrčený ve vykopané úzké jámě. Tak jsem ho otočil, aby alespoň neležel obličejem v zemi. A pak se stalo něco nečekaného. Jeden z esesáků nařídil jednomu Židovi, aby mi pomohl vytáhnout toho muže z příkopu. Bylo to hodně práce, ale nakonec se nám to podařilo a vytáhli jsme ho ven. Pak mu ostatní vězni přinesli pár kbelíků studené vody – byl říjen a už bylo docela chladno – a on se probral. Další den s ostatními do práce nepřišel. Nic jiného o něm nevím, ale protože Židé v té době neměli právo na ošetření na marodce, mohl být jen ... neschopný práce nebo mrtvý. Mezi živými jsem ho neviděl.“
V roce 1941 vznikly vězeňské dílny, ve kterých se vyráběly palandy, rakve a nábytek pro kantýnu SS, písárny a pro soukromé potřeby dozorců. Vedoucím dílen v dnešním dílenském dvoře byl dozorce J. Sternkopf, který se k vězňům choval slušně a toleroval dokonce i některé jejich nelegální aktivity. Nikdy nebyl postaven před československý soud, nikdy nebyl obviněn.
Ve vězeňské tiskárně se vyráběly pohlednice a formuláře pro vězeňskou správu. Kontakt s vnějším světem měli pouze členové zásobovacího komanda při nákupech a pochůzkách v okolních vesnicích. Někteří vězni pracovali ve vězeňské kuchyni, kde jim dozorce Neuhaus poskytoval snesitelné podmínky. Ženské vězeňkyně byly nasazovány na polní práce nebo na péči o dobytek, pomáhaly v prádelně nebo při opravách prádla a svršků.
Ve šlajsně museli vězni postavit malý chlév pro prasata, ve skladech středního traktu Malé pevnosti, který odděluje velký vnitřní dvůr od IV. dvora, byly vytvořeny přístřešky pro dobytek z Lidic.
V roce 1941 nařídila pražská centrála Gestapa nasazení vězňů z Terezína mimo věznici. Zaměstnavatelé museli za hodinu práce vězňů zaplatit 55 feniků.
V letech 1941–42 připravovalo 30–40 vězňů sklepní prostory bývalého pivovaru Elbschloßbrauerei pro válečnou výrobu, od roku 1944 se další komando podílelo na výrobě leteckých vrtulí v nově zřízeném závodě Albiswerke.
Až 300 vězňů pracovalo v komandu říšských drah, které bylo odpovědné za údržbu železničních tratí, provádělo opravy a nakládalo a vykládalo vagony, např. na nádraží v Ústí. Další pracovní skupiny jezdily denně do úpravny v Ústí nad Labem, kde pracovaly na výrobě tuků a maziv. Vězeňské čety pracovaly v podniku firmy Sputh v Lovosicích, v benzínovém skladu v Hněvicích a v cihelnách v okolí.
Vězni z Terezína pracovali v letech 1943–1944 v hutích v Kladně a byli nasazeni na výstavbu kladenského stadionu a policejní věznice. Pracovní komando, složené převážně z židovských vězňů, bylo nasazeno v Trutnově na lesní práce. Další skupiny vězňů byly ke konci války nasazeny jako nuceně nasazení při opevňovacích pracích v oblasti Hradce Králové.
Mezi 300 a 1 000 vězni z Malé pevnosti (převážně sovětští váleční zajatci, ale také židovští vězni) bylo trvale přiděleno k takzvanému komandu „Richard“, které bylo nasazeno při ražení podzemních výrobních hal pod horou Radobýl u Litoměřic. Museli „odklízet“ odstřelenou skrývku, stavěli dopravní cesty, pokládali koleje, budovali překladiště, vodárnu, kanceláře a sklady. Práce byla těžká a nebezpečná, docházelo k nehodám, těžkým zraněním a úmrtím. Práce v komandu „Richard“ byla obávaná.
V letech 1943/44 byli vězni ze stavebního a Storchova komanda nasazeni k výstavbě takzvaného IV. nádvoří mezi dvěma opevňovacími prstenci. V posledních týdnech války byli vězni Malé pevnosti mezi Litoměřicemi a Terezínem nasazeni k výkopu protitankových příkopů. Strážili je mimo jiné kadeti školy SS v Litoměřicích, kteří vězně brutálně týrali, bili a svévolně stříleli (viz výše a Julius Viel), když pracovali po kolena v podzemní vodě a už nemohli dál.
<#špatný link#>*Miloš Bič studoval teologii a filozofii, později působil jako profesor na pražské univerzitě a byl členem České církve bratrské.
