Beneš se narodil jako syn rolníka v Kožlanech. Po studiích se stal docentem na obchodní akademii a na Vysokém učení technickém v Praze. Od roku 1915 pracoval Beneš u Tomáše Masaryka v exilu. V roce 1919 vedl delegaci své země na pařížské mírové konferenci a stal se ministrem zahraničí nezávislé Československé republiky, v letech 1921/22 zároveň ministerským předsedou. Beneš prosazoval politiku rovnováhy ve východní Evropě. Vyjednal smlouvy s Jugoslávií a Rumunskem (Malá dohoda) a přiklonil se k Francii a od smlouvy z roku 1935 také k Sovětskému svazu. Po odstoupení prezidenta Masaryka byl Beneš zvolen jeho nástupcem. Během sudetské krize v září 1938 musel Beneš kapitulovat před Hitlerovým ultimátem a postoupit Sudety Německu. 5. října téhož roku odstoupil a odešel do exilu. Po začátku druhé světové války založil ve Francii Československý národní výbor, který byl v roce 1940 přesunut do Londýna. Dne 21. července 1941 se Beneš stal předsedou československé exilové vlády.
K židovským problémům, jako byl antisemitismus v exilové armádě nebo otázka židovského zastoupení ve Státní radě, zaujímal Beneš nejasný postoj. Zvláštní nejistotu vyvolalo jeho prohlášení, že po válce bude usilovat o co nejhomogennější stát. Během deportací ze Slovenska v roce 1942 se však Beneš pokusil prostřednictvím Vatikánu působit na slovenskou vládu, aby zmírnila své postoje. Na podzim roku 1942 byl Beneš londýnskou kanceláří „Světového židovského kongresu“ (World Jewish Congress) vyzván, aby potvrdil informace o německém plánu vyhlazení, které dorazily do Ženevy v srpnu 1942 (Riegnerův telegram). Ačkoli byla česká tajná služba dobře informována, Beneš ve své pozdější odpovědi tvrdil: „Nezdá se, že by existovaly jasné důkazy o tom, že Němci připravují vyhlazení Židů... ačkoli nesčetní Židé jsou tvrdě pronásledováni a trpí hladem.“ Teprve po dalších zprávách exilová vláda v prosinci 1942 odsoudila vraždění Židů.
Během válečných let udržoval Beneš úzké vztahy s židovskými vůdci a podporoval židovské národní snahy v Palestině a boj za židovský stát.
Jako vůdce jediné východoevropské vlády, která se po válce mohla vrátit, sestavil Beneš v dubnu 1945 v Československu svou vládu. Země byla znovu sjednocena. Židé ztratili svůj status uznávané menšiny a museli se prohlásit za Čechy nebo Slováky. V únoru roku 1948 Beneš podlehl komunistickému tlaku a přijal vládu ovládanou komunisty. Odmítl však podepsat novou ústavu. Kvůli svému zdravotnímu stavu odstoupil 7. června 1948 a v září téhož roku zemřel.
