Žádná jiná budova ve starém pražském ghettu nemá tolik přesných záznamů jako Maislova synagoga v Maislově ulici.
V roce 1590 si bohatý primas pražské židovské obce Mordechaj Maisl pořídil pozemek, na kterém si postavil soukromou modlitebnu. Budova, která byla slavnostně otevřena o dva roky později, byla postavena v proluce mezi domy doktorů Salomona a Salomona Nuny. Podle kronikáře Davida Ganse víme z jeho knihy Zemach Davids, že do základního kamene Maislovy synagogy je zazděna oslavná báseň Jakuba Izáka ben Segreho, básníka, který psal hebrejské básně a elegie a zemřel roku 1629. Je známo, že Maisl vynaložil na stavbu budovy 12 000 denárů a že základní kámen byl položen 14. Adaru roku 5350 (1590). Nápis na synagoze byl při požáru značně poškozen a zůstal z něj jen fragment: „Byli tu jiní mistři stavitelé, jejichž úsilí je dnes marné a jejichž pyšné stavby dnes leží v troskách, z jejichž stříbra je struska, vystavená hanbě, ale dům, který tu Maisl postavil, je útočištěm bezpečí, protože jeho síla pozvedá ubožáky."
Jsou zde popsány Maislovy dobré skutky a nápis končí přáním: „Kéž by tato synagoga nebyla nikdy zbourána.“
Původní sál byl pravděpodobně trojlodní, podpíraný 20 pilíři, a byl zřejmě nejvelkolepější modlitebnou v celé Praze. Plány stavby vypracoval židovský stavitel Juda Coref de Herz. Původní stavba se již nedochovala, protože synagoga padla v roce 1689 za oběť požáru a v roce 1691 byla přestavěna v jednodušší podobě. Sál se zkrátil asi o třetinu. Další úpravy proběhly v 19. století, kdy architekt Grotte v souvislosti s asimilací synagogu rozšířil a novogoticky přestavěl, přičemž hlavní vchod přesunul do západního průčelí. Před II. světovou válkou se v synagoze konaly bohoslužby podle reformovaného rituálu a byly zde instalovány varhany. Během nacistické okupace byla modlitebna, stejně jako další sakrální stavby, přeměněna na skladiště nábytku, který byl odebrán deportovaným židovským rodinám. V roce 1950 se v této synagoze začaly shromažďovat a evidovat exponáty z pražského Židovského muzea. Od roku 1965 je zde stálá expozice synagogálních stříbrných předmětů. Od té doby však byla expozice několikrát přestavěna. Tato jedinečná sbírka obsahuje stříbrné rituální předměty ze 153 židovských obcí a stovek židovských domácností. Artefakty pocházejí převážně z českých zemí, ale jsou zde i exponáty vyrobené v Augsburgu, Norimberku nebo Vídni. Velkou část sbírky tvoří ozdoby ke svitkům Tóry, jako jsou koruny Tóry, svršky Tóry a štíty Tóry, ukazovátka nebo drahé filigránové kořenky, levitské soupravy či svícny. Zajímavé jsou také výrobky pražského zlatnického cechu.
