Na I. nádvoří Malé pevnosti se nachází řada samotek a temných cel, které byly postaveny již ve 30. letech 19. století a které již Rakušané používali k přísnějšímu trestání vězňů. Zde byli za nejhorších podmínek vězněni vězni, kteří se podle SS dopustili nějakého přestupku, a především židovští vězni. Malé otvory pro světlo bylo možné uzavřít, v některých celách nebylo topení ani větrání. Zde byli drženi vězni, kteří byli odsouzeni k trestu smrti nebo měli být zabiti na mučícím dvoře hned vedle.
V první samostatné cele vlevo (z pohledu z nádvoří) byl za rakouské éry vězněn Gavrilo Princip, který byl zde odsouzen k doživotnímu těžkému žaláři za atentát na rakouského arcivévodu Františka Ferdinanda v Sarajevu v roce 1914. Zajímavé je, že tato cela nebyla během období vězení Gestapa obsazena.
