Špatný zdravotní stav byl výrazně ovlivněn nedostatečnou výživou, chladnou vlhkostí a hygienickými podmínkami v přeplněných celách.
Vězni dostali při příjezdu vyřazené uniformy české armády. Zpočátku si mohli nechat své prádlo a v pravidelných intervalech ho posílat domů na vyprání. V únoru 1945 však bylo toto výměnné prádlo zabavováno. Cely byly nedostatečně vytápěné. Tenké deky nechránily před chladem. V celách se bez omezení rozmnožovaly vši a blechy. Odvšivování vězňů a jejich oděvů probíhalo jen nepravidelně, což v roce 1945 vedlo k šíření smrtelných epidemií.
O zdravotní péči se staral policejní lékař, jehož pravomoci byly vedením výrazně omezeny. Zpočátku pro ně ani neexistovala ošetřovna. Tu schválil Jöckl až na konci srpna 1940 na podnět dvou vězeňských lékařů. Později byla doplněna o další dvě cely. Vybavení této ošetřovny lékařskými přístroji a léky bylo však velmi nedostačující. V listopadu 1944, po vypuknutí epidemie úplavice (průjmového onemocnění), byla vedle zahradnictví zřízena ošetřovna, která se později stala karanténním zařízením (infekční stanicí).
Navzdory nedostatečnému vybavení provedli lékaři, kteří sami byli vězni ve vězení, řadu náročných zákroků, jako např. operace slepého střeva, amputace nohou a krevní transfuze. Menší zákroky prováděli přímo v celách, které mohli pravidelně navštěvovat. Léky si však museli vězni platit sami. Plukovník Svoboda, jeden z přeživších, který v šedesátých letech vedl mladé Němce při mírové práci v Terezíně, vyprávěl, že vězni se solidárně skládali, aby mohli léky zaplatit.
Hospitalizace v případě velmi těžkých onemocnění byla povolena jen velmi zřídka.
