Důvody k zatčení vězňů uvězněných ve věznici Gestapa v Malé pevnosti byly různé. Velká část vězňů patřila k odbojovým skupinám, účastnila se odbojových akcí jakéhokoli druhu nebo z nich byla podezřelá. Mezi vězni byli spisovatelé, novináři, kněží, umělci a lékaři, ale také dělníci, úředníci a ženy v domácnosti. V mnoha případech stačilo poslouchat nepřátelské rozhlasové stanice, vtipkovat o nacistických pohlavářích nebo pomáhat lidem pronásledovaným nacisty, aby byl člověk zatčen Gestapem, někdy dokonce stačilo být příbuzným nebo spřízněným s někým, kdo byl proti nacismu. Porušení protižidovských nařízení a předpisů bylo stejně tak důvodem k uvěznění jako sabotáž nebo pracovní přestupky.
Ve věznici Gestapa byli vězni, kteří protestovali proti uzavření vysokých škol – např. studenti z Roudnice –, kněží, kteří se před svou farností otevřeně vyslovili proti pronásledování Židů. Byli tam i vězni, kteří byli do vězení gestapa umístěni kvůli majetkovým deliktům nebo jiným trestným činům, ale ti byli v menšině a měli největší šanci, že budou někdy propuštěni.
Mezi vězni bylo mnoho členů odbojových organizací, příslušníků bývalé československé armády, občanské opozice a komunistické strany, asi 140 funkcionářů sportovního spolku Sokol, který byl na podzim 1941 zrušen, kteří byli uvězněni v Terezíně a krátce nato deportováni do Osvětimi. Po atentátu na Heydricha bylo uvězněno stovky osob, z nichž 252 bylo deportováno do Mauthausenu a tam zavražděno. Od samého počátku měli nacisté v úmyslu potlačit inteligenci, protože v ní viděli potenciální zdroj odporu. Jen z tohoto důvodu bylo ve věznici Gestapa uvězněno mnoho osobností kulturního, vědeckého a společenského života.
V Malé pevnosti byli také vězněni Židé (1 500), z nichž někteří byli převezeni z ghetta kvůli „nesprávnému chování“, a sovětští a britští váleční zajatci. Asi 2 500 vězňů cizích států: Britové, Sověti, Francouzi a Němci, byli ve věznici Gestapa ve vazbě. <#špatný link#>[nbsp]
