Přesný počet poprav vykonaných v Malé pevnosti nelze určit, protože se obvykle prováděly bez soudního rozsudku, pouze na příkaz Gestapa (zvláštní zacházení) a často v noci a za mlhy. Bylo jich asi 250 až 300, nepočítaje počet vězňů, kteří byli ubití k smrti dozorci.
Jiné popravy, jako například popravy dětí z Bělostoku, nebyly zaznamenány.
Popravy se konaly převážně na staré vojenské střelnici ležící mezi hradbami. Obvykle je prováděli členové strážních jednotek, ale podíleli se na nich i dozorci.
Nebylo výjimkou, že vězni odsouzení k smrti byli před popravou mučeni. Esesáci, kteří tam sloužili, byli jakoby posedlí myšlenkou, že musí především židovským lidem dát pocítit jejich stigma. Odsouzení k smrti byli postaveni před hromadu písku, která sloužila jako ochrana před střelbou, před cihlovou zdí. Střelci popravčí čety leželi vedle sebe pod střechou, která je chránila před sluncem a deštěm. Často se stávalo, že příbuzní důstojníků sledovali popravy z valů tyčících se nad popravištěm (tzv. „balkon“). Pouze v jediném případě byla poprava provedena oběšením. Některé popravy se konaly za přítomnosti ostatních vězňů na IV. nádvoří. Jednalo se o uprchlé a znovu dopadené vězně.
První doloženou popravou je zastřelení komunisty Františka Prokoba dne 11. května 1943. Popravováni byli jak jednotlivci, tak členové odbojových skupin, členové západních nebo východních výsadkářských skupin a vězni převezení z ghetta za účelem potrestání.
Dne 4. listopadu 1944 bylo v rámci příbuzenské odpovědnosti popraveno devět příbuzných J. Kužely a J. Matičky, kteří se pokusili unést letadlo v rámci slovenského národního povstání. 28. září 1944 byl v Malé pevnosti zastřelen druhý židovský starší terezínského ghetta, Dr. Paul Eppstein. V rámci likvidace nevyléčitelně nemocných bylo ve věznici Gestapa zastřeleno několik osob. Znovu dopadení uprchlíci byli zpravidla popraveni nebo ubití dozorci. Výpovědi vězeňských lékařů z márnice ghetta uvádějí, že i nemocné děti z transportu z Bělostoku byly na začátku října 1944 zastřeleny v Malé pevnosti.
Poslední poprava se konala 2. května 1945 na popravišti mezi hradbami v jihovýchodní části pevnosti.
2. května přijeli do Terezína dva úředníci z pražského velitelství Gestapa. Na IV. nádvoří přečetli jména velkého počtu vězňů a vyzvali ty, kteří byli vyvoláni, aby opustili cely a dostavili se na „apelplac“. Vězni si nebyli jistí. Na jedné straně nedůvěřovali úředníkům Gestapa, na druhé straně věděli o blížícím se konci války a počítali s tím, že budou propuštěni. Z těch, kteří byli vyvoláni, se přihlásilo 49 převážně mladých mužů, kteří patřili k odbojové skupině Předvoj a ilegální KSČ. Ostatní se nepřihlásili a zůstali v přeplněných celách. Měli štěstí, protože SS se neodvážila vstoupit do cel obývaných nemocnými skvrnitým tyfem. 49 mladých mužů bylo spolu se třemi ženami odvedeno přímo na popraviště a tam zastřeleno. Jejich těla byla pohřbena před hradbami pevnosti a později převezena na jiné místo.
Jejich jména jsou vyryta na centrálním pamětním kameni uprostřed národního hřbitova.
Popravy v ghettu
Ráno 10. ledna 1942 bylo v příkopech Ústeckých kasáren za přítomnosti velitele Seidla, jeho (opilého) zástupce Bergla, Sturmbannführera Günthera z Prahy a členů rady starších pověšeno 9 osob. Velitel tábora čte: „Na příkaz velitele bezpečnostní služby pro Čechy a Moravu jsou následující Židé odsouzeni k smrti oběšením za hanobení Německé říše...“ Jeden z odsouzených: „My se nebojíme, ale válku nevyhrajete.“ Šibenice musely být na příkaz velitele tábora postaveny židovskými řemeslníky, židovský starší byl pověřen zajištěním kata.
V čem spočívalo hanobení Německé říše? Jeden napsal dopis své babičce a požádal ji o jídlo, druhý si při nákupu malého perníku sundal židovskou hvězdu, což bylo vyloženo jako pokus o útěk. Třetí čekal na pracovní skupinu na dvoře kasáren, otočil se a přitom se loktem dotkl esesáka, který stál za ním, což bylo vyloženo jako fyzický útok.
26. února 1942 bylo dalších sedm mladých mužů pověšeno ze stejných důvodů a stejným způsobem.
Mezi osobami popravenými 10. ledna a 26. února 1942 byli:
Těmito popravami chtělo SS dát od samého počátku jasně najevo, kdo je pánem v domě, a zastrašit lidi. Pokud nepočítáme vězně, kteří byli utýráni a ubiti v bunkru, nedošlo v ghettu k žádným dalším popravám. Odsouzenci na smrt byli převezeni do Malé pevnosti a tam popraveni.
Carlo Ross, který jako David Rosen prožil a přežil terezínské ghetto, ve své knize „Im Vorhof der Hölle“ (V předpeklí – vydavatel dtv Junior) popisuje, že na konci roku 1944 muselo na rozkaz SS 20 vybraných mužů vykopat těla obětí pohřbená na nádvoří Ústeckých kasáren. Půda byla vyrovnána, mrtvoly odvezeny na neznámé místo, 20 mužů deportováno do Malé pevnosti a tam okamžitě zastřeleno.
