Kasárna SS v Malé pevnosti se nacházejí naproti zámku.
Byl zde ubytována ostraha čítající 120 mužů.
V prvních letech se strážní skládali ze zaměstnanců Gestapa a příslušníků Schutzpolizei (Schupo). Na jaře 1941 převzali funkci dozorců příslušníci SS. Střežením Malé pevnosti byla pověřena 1. rota strážního praporu SS Čechy a Morava. V dubnu 1942 byla nahrazena 2. rotou strážního praporu SS Praha. Ke konci války byli někteří esesáci nahrazeni polními četníky z Banátu. Stráže byly tak silné, protože měly být v případě nouze nasazeny i proti židovskému obyvatelstvu ghetta.
V budově kasáren SS je nyní muzeum, kde je představena prehistorie okupace, mnichovská dohoda, pronásledování politických disidentů atd.. Zde si připomínáme mučení vězňů, mnoho politických vězňů, kteří byli v Malé pevnosti popraveni, zde se dozvídáme o zacházení s válečnými zločinci.
Ve druhém patře si můžete prohlédnout umělecká díla malířů, kteří svými štětci zachytili dění v Malé pevnosti a ghettu. Jedním z obrazů, které zde visí, je „Pohřební vůz“ od Helgy Weissové-Hoskové.
V horním patře se nachází oddělení důkazů s mnoha originálními dokumenty, kresbami Leo Haase atd. a kartotékami se jmény obětí a pachatelů.
Během povodní v srpnu 2002 bylo muzeum rovněž zaplaveno a celá expozice v přízemí byla zničena. Mezitím byla budova zrekonstruována a v srpnu 2004 byla expozice znovu otevřena v novém a vylepšeném stavu.
