Pozdější koncentrační tábor u Celle byl v dubnu 1943 oficiálně zřízen jako „zadržovací tábor“ pro osoby, které měly být vyměněny za německé občany v zemích spojenců. Válečný zajatecký tábor na tomto území, Stammlager (Stalag) 311, byl částečně vyklizen, aby se uvolnilo místo pro nový tábor.
Od samého počátku podléhal tábor Bergen-Belsen Hlavnímu úřadu pro hospodářskou správu (WVHA) v Berlíně, který byl odpovědný za správu všech koncentračních táborů.
Prvním velitelem byl SS-Hauptsturmführer Adolf Haas (později povýšený na Sturmbannführera). Nejprve bylo do Bergen-Belsenu deportováno 500 židovských vězňů z táborů Buchenwald a Natzweiler-Struthof, aby pomáhali při stavbě tábora. Neměli být vyměněni a patřili ke stavebnímu komandu. Během prvních 18 měsíců existence tábora bylo zřízeno pět vzájemně nezávislých vedlejších táborů.
Jen málo Židů, kteří byli přivezeni do Bergen-Belsenu za účelem výměny, bylo skutečně propuštěno. Dne 10. července 1944 dorazilo do přístavu v Haifě 222 Židů s povoleními k imigraci. Dne 21. srpna 1944 dorazilo do Švýcarska 318 Židů z „maďarského tábora“, následovaných dalšími 1 365 v prosinci 1944. Dne 25. ledna 1945 dorazilo do Švýcarska také 136 Židů s jihoamerickými pasy.
Od března 1944 se Bergen-Belsen postupně stal běžným koncentračním táborem, do kterého byli deportováni vězni z jiných táborů klasifikovaní jako schopní práce. První taková skupina dorazila na konci března 1944 a skládala se z 1 000 nemocných vězňů z tábora Dora-Mittelbau. Byli ubytováni v nové části tábora, kde byly celkově horší podmínky. Panovaly tam mizerné hygienické podmínky, nedostávali žádné deky, žádnou lékařskou péči a jen minimální příděly jídla. Téměř všichni po krátké době zemřeli. V den osvobození bylo naživu pouze 37 z nich. Další transporty s vězni neschopnými práce přicházely do konce roku 1944 z různých zemí, většinou se však jednalo o maďarské Židy. Většina z nich byla umístěna v bývalém zajateckém táboře, kde panovaly obzvláště špatné podmínky. Mezi dubnem a červnem roku 1944 zemřelo pouze v této části tábora 820 vězňů. Němečtí vězni z Dora-Mittelbau byli jmenováni kápy a zacházeli s vězni velmi brutálně. Ti navíc trpěli sadismem táborového lékaře Dr. Karla Jägera, který je nutil po dlouhou dobu běhat. V létě 1944 bylo asi 200 vězňů zavražděno fenolovými injekcemi.
V srpnu 1944 byla zřízena nová sekce s 12 baráky, která měla sloužit jako ženský tábor. Bylo tam ubytováno 4 000 židovských žen z Maďarska a Polska. Po krátkém pobytu byly transportovány na nucené práce do vedlejších táborů Buchenwald a Flossenbürg. V září a říjnu 1944 dorazily do Bergen-Belsenu transporty Židů z Plaszowa a 3 000 židovských žen z Osvětimi. Byli ubytováni ve „Hvězdném táboře“ (Sternenlager) v nových barácích postavených speciálně pro ně, bez vody, bez postelí a bez dalšího vybavení. Mezi těmito vězni byly i Anna Franková a její sestra Margot. Obě dívky podlehly epidemii tyfu, která v té době v táboře zuřila.
Dne 2. prosince 1944 byl velitel tábora Adolf Haas nahrazen Hauptsturmführerem Josefem Kramerem. Podle sčítání provedeného v tento den bylo v táboře 15 257 vězňů, z toho 8 000 žen. Kramer zrušil všechna privilegia v jednotlivých táborech a vnitřní správu tábora svěřil do rukou starších bloků a kápů. Podmínky se dále zhoršovaly, když přibyly desítky tisíc vězňů – do Bergen-Belsenu dorazili přeživší z pochodů smrti z táborů na východě, jen 20 000 ženských vězňů z vedlejších táborů Osvětim a Buchenwald.
Mezi lednem a březnem dorazily do Bergen-Belsenu tisíce mužských vězňů ze Sachsenhausenu a Buchenwaldu.
Správa tábora neudělala nic pro to, aby nově příchozí vězně ubytovala a zajistila jim stravu. Nebyla voda ani jídlo. V táboře panoval naprostý chaos. Mnoho vězňů se stalo obětí epidemie tyfu. Jen v březnu 1945 zemřelo v táboře 18 168 vězňů, od ledna do dubna 1945 dosáhl počet úmrtí 35 000. Při osvobozování tábora dne 15. dubna 1945 byli britští vojáci tímto pohledem šokováni. V táboře bylo 60 000 vězňů, z nichž většina byla v kritickém stavu. Tisíce mrtvých těl ležely všude kolem. Britové něco takového nečekali. Během prvních pěti dnů po osvobození zemřelo dalších 14 000 lidí, dalších 14 000 v následujících týdnech.
Po osvobození se Bergen-Belsen stal táborem pro vystěhované osoby. Britská armáda převzala se svým zdravotnickým sborem o bývalé vězně lékařskou péči. Tábor existoval do roku 1951.
Dnes se na místě tábora nachází památník.
Dagmar Lieblová, bývalá vězeňkyně v Terezíně, Osvětimi a HH-Freihafen, byla osvobozena Brity v Bergen-Belsenu. Dne 15. dubna 2004 pronesla před obeliskem v Bergen-Belsenu pamětní řeč.
Proces v Bergen-Belsenu
Transport z Bergen-Belsenu do Terezína
