Od dubna 1943 až do konce války působil Thadden jako legační rada na ministerstvu zahraničí v oddělení „Inland II“ a měl na starosti židovskou otázku. Přijímal intervence zahraničních diplomatů ve prospěch zahraničních Židů a po poradě s Eichmannem na ně odpovídal. Při výsleších 13. března a 11. června 1946 Thadden svou roli zlehčoval; tvrdil, že se s Eichmannem setkával nanejvýš šestkrát ročně, a raději jednal s jeho zástupcem Rolfem Güntherem, který měl být spolehlivější. Eichmann by vyhlazovací tábory prezentoval jako normální koncentrační a pracovní tábory a Bergen-Belsen by označil za preferenční tábor. Eichmann představil Thaddenovi Terezín „jako příklad židovského tábora“. Thadden byl v Terezíně třikrát: v létě 1943 s delegací Německého červeného kříže, v červnu 1944 se zástupcem Mezinárodního červeného kříže (IRK) Rosselem a zástupci Dánského červeného kříže a 6. dubna 1945 s Lehnerem z IRK.
