Dne 6. září 1943 bylo na rozkaz velitele ghetta Burgera deportováno z Terezína do Osvětimi 5 007 vězňů. Několik dní předtím dorazil do ghetta podivný transport. Vzpomíná na to i Dagmar Lieblová: „Byl to transport dětí. Než tento transport dorazil, byl vyhlášen přísný zákaz vycházení. Nikdo nesměl na ulici, ani k oknu. Esesáci pak vedli úplně sešlé, otrhané a vyčerpané děti prázdnými a opuštěnými ulicemi ghetta. Nejprve je odvedli do odblešovací stanice. Mnohé z dětí byly bosé, jiné měly polorozpadlé boty nebo dřeváky. Měli na sobě zbytky starých uniforem nebo úplně roztrhané šaty, drželi se za ruce a bázlivě se rozhlíželi kolem sebe. Jak se později ukázalo, neodvažovaly se ze strachu promluvit.“
V odblešovací stanici byli přítomni velitel Burger a všichni příslušníci SS z velitelství. Přísně dbali na to, aby nikdo z ošetřujícího personálu s dětmi nenavázal kontakt a nemluvil s nimi. Když bylo dětem nařízeno, aby se svlékly a vstoupily do odblešovací stanice, bránily se, začaly hlasitě plakat a neustále křičely „plyn, plyn“. V té době si vězni nedokázali představit, co to znamená. Děti však věděly o plynových komorách na východě.
Děti byly zablešené a po dlouhé cestě špinavé. Musely být násilím svlečeny a odvedeny do koupelny. Odblešování trvalo 26 hodin. Poté byly děti oblečeny do čistého oblečení a odvedeny do západních baráků, které byly oploceny ostnatým drátem a odděleny od zbytku ghetta. Nikdo, ani židovský starší, tam neměl přístup. Z tábora byli vybráni lékaři a ošetřovatelé pro děti. Bylo to 53 vězňů. Ti pak nesměli západní baráky opustit. Přesto se šířily zvěsti a lidé se dozvěděli, že děti pocházejí z Bělostoku. Nikdo nevěděl, kolik dětí tam přesně bylo, protože nebyly spočítány ani zapsány do táborového registru. Jídlo pro ně vařili v kuchyni ghetta (bývalé armádní pekárně). Denně to bylo 1 500 porcí. Někdy se objevila fáma, že děti budou vyměněny a odvezeny do Palestiny nebo do Švýcarska. Na této pověsti bylo něco pravdy. Děti skutečně pocházely z Bělostoku, který byl 27. června 1941 obsazen Němci. Ihned po vpádu Němců došlo k pogromům. Němci v židovské čtvrti vypálili domy, zapálili obchody a továrny, shromáždili všechny Židy a oddělili všechny muže ve věku 17–20 let, z nichž většina byla okamžitě popravena v oblasti Praszky. O týden později začali Němci zřizovat ghetto ve čtvrti „Rubetska“ (Nový svět). Bylo sem natěsnáno více než 50 000 lidí. O dva roky později, 16. srpna 1943, začala ve 4 hodiny ráno likvidace ghetta. V ghettu v Bělostoku se vytvořilo podzemní hnutí, které se zoufale bránilo a kladlo odpor. Během Eichmannova procesu vypověděli přeživší svědci, že odbojové skupiny se několik hodin bránily se zbraněmi, poté byly přemoženy a odvedeny na nádraží. Několik dní tam muselo čekat asi 50 000 lidí. Němci tloukli do lidí, kteří stáli namačkaní na sobě. Kdo kladl odpor, byl okamžitě zastřelen. V této situaci požadovala Gestapo od židovského staršího, Dr. Barasche, aby jim poskytl 1 200 dětí, které měly být vyměněny za Němce uvězněné v Palestině. Asi 400 dětí pocházelo z obou sirotčinců, zbytek tvořily děti, které rodiče odevzdali v naději, že je tak zachrání. Děti byly spolu s doprovodem pod dohledem SS odvedeny na nádraží a naloženy do vagónů.
Po 3 dnech a 3 nocích dorazil transport do Terezína. Ve skutečnosti probíhala jednání mezi německými úřady a britskými orgány za zprostředkování neutrálních zemí, která se týkala povolení k výjezdu pro 5 000 Židů z Němci okupovaných zemí, kteří měli být vyměněni v poměru 1:4 (1 Žid za 4 Němce), přičemž německá strana trvala na tom, aby Němci, kteří měli být vyměněni, byli plodní a schopní mít děti, tj. nebyli starší 40 let. Německá strana však brzy dospěla k rozhodnutí, že výměna není politicky výhodná, a jednání byla až do roku 1944 vedena pouze pro formu a nakonec selhala. Děti z Bělostoku nebyly v tajných záznamech nikde zmíněny. Je však docela možné, že SS si děti z Bělostoku takříkajíc nechávala v záloze.
1 200, respektive 1 260 dětí, které dorazily do terezínského ghetta dne 24. srpna 1943, opustily ghetto dne 5. října 1943. Jeden svědek později před izraelským soudem vypověděl: „Vzpomínám si na zvěsti, že děti měly druhý den odcestovat se svými opatrovníky do Švýcarska. Na žádost Dr. Munka (vedoucího zdravotnictví v ghettu) se kromě ošetřovatelů přihlásil ještě jeden lékař a jedna zdravotní sestra. Mysleli si, že pojedou s dětmi do Švýcarska. V den, kdy měly děti odjet vlakem, jsem byl na nádraží v Bohušovicích. Ze vzdálenosti asi 500 metrů jsem viděl, jak děti naložili do železničních vagónů. Bylo jich osm. Viděl jsem, jak Němci děti natlačili do jednotlivých vagónů v takovém množství, že jsem si myslel, že je na druhé straně zase vytlačí ven. Byli to příslušníci SS, kteří děti nacpali do vagónů. Byli tam jen příslušníci SS, žádní čeští četníci, s výjimkou českého velitele Janečka. Tento Janeček se choval stejně brutálně jako příslušníci SS a po válce byl oběšen. Měl jsem staršímu radě podat zprávu o tom, co se děje s dětmi, a proto jsem byl v Bohušovicích.“ Svědek si vzpomíná, že v té době byl na návštěvě v Terezíně Eichmann.
Transport s dětmi dorazil do Osvětimi dne 7. října 1943. Děti a jejich opatrovníci byli z rampy odvedeni přímo do plynové komory. Nemohlo se jednat o všechny děti, protože některé děti z tohoto transportu již zemřely v Terezíně. Hans Günther Adler, kronikář Terezína, napsal: „Několik dětí, které onemocněly spálou a jinými infekčními chorobami, bylo izolováno ve sklepě Sokolovny, která sloužila jako infekční nemocnice, a v noci je odvezli příslušníci SS do Malé pevnosti, kde je zavraždili. O tom podali zprávu i Dr. Lagus a pan Polák. „Jednoho dne přijel nákladní vůz. Všechny nemocné děti byly odvezeny do Malé pevnosti a tam zabity. Následující den přinesli příslušníci SS několik dřevěných beden. Vězni, kteří museli pracovat v krematoriu, vypověděli, že z beden ještě vytékala krev. Bedny nesměly být otevřeny, ale musely být spáleny. V tomto případě se o spálení postarali sami příslušníci SS. Topičům a lékařům pracujícím v krematoriu bylo pod hrozbou trestu smrti zakázáno o tom mluvit.“ Tyto informace potvrdil Hauptscharführer Vostrel, který byl dispečerem dopravy.
