Otázka systému odpadních vod byla stejně složitá jako otázka zásobování vodou.
Odpadní voda z tábora nesměla celé okolí nijak ohrožovat. Proto inženýři technického oddělení již na začátku roku 1942 pracovali na systému čištění odpadních vod. Čistírna odpadních vod však nebyla schválena, a tak bylo nutné vyvinout jiné možnosti. Terezín je záplavová oblast a každoroční jarní povodně způsobené táním ledu vyžadovaly uzavření stavidel. To však mělo za následek, že odpadní vody z příkopů pevnosti nemohly odtékat do řeky Ohře, ale hromadily se tam. Dokud v Terezíně žilo jen málo civilního obyvatelstva, nebyl to problém. Hromadění odpadních vod z obce s 60 000 obyvateli však představovalo velké nebezpečí jako zdroj nákazy. Proto byla navržena a postavena čerpací stanice, která měla v případě zamrznutí nebo povodní čerpat odpadní vody z příkopů na povrch do řeky Ohře. Zařízení však nemohlo být uvedeno do provozu, protože elektrotechnické vybavení nebylo nikdy dodáno.
Bylo tedy nutné spokojit se s provizorním řešením. Byla vybudována záchytná nádrž (135 m dlouhá, 4 m široká, 1 m hluboká). Při výšce hladiny 70 cm a době zadržení 30–40 minut bylo zařízení, které bylo opakovaně chlorováno, dimenzováno pro 40 000 osob. Přivezený kal byl seškrábán, odvezen a použit v zemědělství jako hnojivo (asi 20 m³ denně). Jednalo se o provizorní řešení. Obyvatelé podél dolního toku řeky Ohře si opakovaně stěžovali na odpadní vody pocházející z Terezína.
