V Generálním gouvernementu, části Polska okupované nacisty, která byla rozdělena na distrikty Varšava, Radom, Krakov, Lublin a Východní Halič, žilo přibližně dva miliony Židů.
Dne 16. prosince 1941 svolal generální guvernér Hans Frank své kabinetní zasedání a oznámil, že Reinhard Heydrich, šéf Hlavního říšského bezpečnostního úřadu (RSHA), plánuje důležitou konferenci. Této schůzky se měl zúčastnit Frankův zástupce Dr. Josef Bühler.
Bühler byl jedním z 15 vedoucích nacistů, kteří se 20. ledna 1942 zúčastnili takzvané konference ve Wannsee. Na této konferenci byla koordinována činnost orgánů podílejících se na „konečném řešení“ a Bühler naléhal, aby byla „židovská otázka“ Generálního gouvernementu vyřešena co nejrychleji.
Na počest Heydricha, který byl na konci jara 1942 zavražděn, označila SS vyhlazení Židů z Generálního gouvernementu krycím názvem „Operace Reinhard“. Plánování masového vyvražďování Židů však již bylo v plném proudu před konferencí ve Wannsee. Pod vedením důstojníků SS Odila Globocnika a Christiana Wirtha měly být vybudovány tři tábory, jejichž hlavním účelem bylo vyhlazení Židů. S personálem složeným z příslušníků SS, policie, rychle vycvičených Ukrajinců a bývalých vedoucích pracovníků akce eutanazie měly být vybudovány tábory Treblinka, Sobibor a Belzec jako továrny na smrt. Během 21 měsíců operace Reinhard od března 1942 do listopadu 1943 bylo zplynováno přes 1,7 milionu Židů, většina z nich z Generálního gouvernementu. Koncentrační továrny na smrt byly vybaveny dieselovými a benzínovými motory pro výrobu oxidu uhelnatého pro plynové komory. Umístění táborů bylo zvoleno tak, aby ležely mimo hustě osídlené oblasti, ale byly dobře dostupné po železnici. Z důvodu utajení byly předstírány přesuny obyvatelstva na východ. Tábor Belzec, který byl uveden do provozu 17. března 1942, tato kritéria splňoval. Nacházel se jen necelý kilometr od železniční trati mezi Lublinem a Lvovem. V relativně krátké době zde bylo zabito asi 600 000 Židů. V Sobiboru, kde se na jaře 1942 začalo s masovým vyvražďováním, se rovněž využila blízkost velké železniční trati. V plynových komorách zde bylo zavražděno 250 000 lidí. V Treblince začalo masové vyvražďování 23. července 1942. Tento odlehlý tábor na železniční trati mezi Varšavou a Bělostokem se nacházel v blízkosti stovek izolovaných židovských komunit. Do jeho uzavření na podzim 1943 bylo v tomto táboře zavražděno mezi 700 000 a 900 000 lidí.
Z Terezína bylo mezi 19. zářím 1942 a 22. říjnem 1942, tedy během pouhého jednoho měsíce, deportováno 18 040 židovských vězňů v 10 transportech do Treblinky, kde byli zavražděni.
