Vůdcovo nařízení z 16. března 1938 zaručovalo protektorátu autonomii a nezávislost, ale žádné rozhodnutí nesmělo být v rozporu se zájmy Říše.
Protektorát měl pouze formálně autonomní status s vlastními orgány a vlastní správou. V jejím čele stál Dr. Emil Hácha, tzv. prezident republiky. Vlády, které se do roku 1945 několikrát změnily, se stále více stávaly mocenským nástrojem německých okupantů.
Vedle protektorátních úřadů vznikl paralelní systém německých politických, správních, soudních a policejních institucí, které kontrolovaly všechny oblasti života.
Říšský protektor byl jmenován přímým zástupcem Adolfa Hitlera a zplnomocněným představitelem říšské vlády. Tento úřad zpočátku zastával Konstantin von Neurath, poté Reinhard Heydrich a Kurt Daluege (oba jako zástupci říšského protektora) a Wilhelm Frick.
Klíčovou postavou, v jejíchž rukou se soustředila moc, se však stal sudetský Němec > Karl Hermann Frank, který nejprve zastával funkci státního tajemníka a poté byl v srpnu 1943 jmenován německým státním ministrem pro Čechy a Moravu.
Protektorátní správu organizovaly a kontrolovaly tzv. zemské rady (Landräte) a na území protektorátu působily všechny německé policejní orgány včetně SD a gestapa. Jejich cílovou skupinou byli všichni odpůrci „nových pořádků“ z řad českého a německého obyvatelstva. Pro mnoho emigrantů to znamenalo okamžitý útěk.
Brzy po vzniku protektorátu vstoupily v platnost norimberské rasové zákony. Prostřednictvím takzvané „arizace“ získali Němci do svých rukou židovský majetek. Nařízení říšského protektora z 21. června 1939 o židovském majetku umožňovalo „arizovat“ i podniky s minimálním židovským podílem nebo podniky pod „židovským vlivem“. Rozhodnutí bylo zcela v rukou okupační správy a vyvlastněné podniky byly zcela předány do německých rukou. V říjnu 1941 začaly z území protektorátu transporty do vyhlazovacích táborů na východě.
Během války potřebovali němečtí agresoři protektorát především jako klidné zázemí, které mohlo spolehlivě plnit úkoly ve zbrojní výrobě. Celé protektorátní hospodářství bylo podřízeno německému dohledu a německým válečným cílům. Německé koncerny vstoupily do lukrativních českých podniků prostřednictvím kapitálových investic. To jim usnadňoval vynucený směnný kurz koruny k říšské marce v poměru 10:1 a celní unie s Říší.
Z mnoha Frankových a Heydrichových výroků a dopisů však také jasně vyplývalo, že němečtí fašisté plánují germanizaci Čech a Moravy. Podle plánu osídlení z roku 1943 se předpokládalo, že 3 625 000 ze 7 485 000 Čechů je schopno germanizace. V plánu bylo usadit v protektorátu 1 415 000 německých osadníků. Pomocí tzv. národnostních mostů obsazených německými osadníky (viz mapa) bylo cílem rozdělit a izolovat český životní prostor.
České obyvatelstvo dávalo najevo svou nespokojenost s politikou německých okupantů ostentativní účastí na různých demonstracích. Demonstrace konaná 28. října 1939 na počest vzniku Československa, při níž byl německým policistou zastřelen student medicíny Jan Opletal, měla jasný politický rozměr. 17. listopadu 1939 byly uzavřeny všechny české vysoké školy, mnoho studentů bylo deportováno do koncentračních táborů a devět předních mladých lidí ze studentského hnutí bylo zastřeleno.
Organizovaný odpor proti německým okupantům se formoval již v roce 1939. Důstojníci československé armády spolupracovali v „Obraně národa“, osobnosti kulturní scény se spojily do petičního výboru „Věrni zůstaneme“. Na jaře 1940 se obě uskupení spojila a vznikl UVOD. Přes všechny ztráty, které mu nacistický bezpečnostní aparát způsobil, dosáhl český odboj značných úspěchů, zejména ve zpravodajské činnosti. Komunistický odboj získal jasnou orientaci až po Hitlerově napadení Sovětského svazu v červnu 1941, ale i poté se vydal vlastní cestou.
Mezitím se v britském exilu kolem bývalého premiéra Edvarda Beneše vytvořila skupina, která 9. června 1941 ustavením Československého národního výboru vytvořila něco jako prozatímní vládu. Dne 18. července ji uznaly vlády Velké Británie a SSSR. USA následovaly 30. července téhož roku.
Důstojníci a vojáci, kteří uprchli do Polska, vytvořili legii složenou z Čechů a Slováků, která byla nasazena proti Wehrmachtu. Po porážce Polska byli příslušníci této legie internováni v Sovětském svazu pod vedením svého velitele Ludvíka Svobody, reorganizováni a poprvé nasazeni na straně Rudé armády v Sokolově.
Československé pěší pluky bojovaly ve Francii a v Tobruku. Příslušníci československého letectva se zúčastnili bitvy o Anglii na britské straně. Účast v bojích proti hitlerovskému Německu výrazně posílila pozici exilové vlády.
Spolupráce mezi UVODem a podzemním vedením KPTsch vedla v létě 1941 ke znatelnému zesílení domácího odporu. Stávek a sabotážních akcí přibývalo. To bylo jedním z důvodů, proč byl 27. září 1941 bývalý říšský protektor Konstantin von Neurath nahrazen obávaným šéfem Hlavního úřadu říšské bezpečnosti, generálem policie a vůdcem SS Reinhardem Heydrichem. Heydrichovým hlavním úkolem bylo zajistit válečnou výrobu, která byla pro Říši nesmírně důležitá.
Heydrich okamžitě nařídil zavést v protektorátu stanné právo, zahájil rozsáhlý útok proti všem podzemním organizacím a zatkl předsedu protektorátní vlády generála Aloise Eliáše. Podle zásady „cukru a biče" zavedl sociální zlepšení, z nichž měla mít prospěch zejména pracovní síla.
27. května 1942 provedli parašutisté Jan Kubiš a Jozef Gabčik, pověřeni londýnskou exilovou vládou, atentát na Heydricha, na jehož následky o několik dní později zemřel.
Nacistická mašinérie reagovala na Heydrichovu smrt vyhlášením 2. stanného práva a slepě zuřivým terorem. Tisíce a tisíce lidí byly zatýkány, zkrácené soudy vynesly 1 412 rozsudků smrti a byly zlikvidovány obce Lidice (10. června) a Ležáky (24. června). Vlna pronásledování, která následovala po atentátu, zlomila sílu místního odboje, který se v původní síle obnovil až ke konci války.
Po Heydrichově smrti převzal K. H. Frank odpovědnost za represivní politiku německé okupační moci.
Cílem jeho politiky bylo zastrašit odboj a udržet klid v protektorátu, zabránit stávkám a zastavení práce a zajistit výrobu válečného zboží. Mezi Frankovy pravomoci patřilo také vydávání rozsudků smrti bez soudního řízení.
