První Židé, kteří se v Nizozemsku usadili ve vrcholném středověku, byli opět vyhnáni během pogromů kolem roku 1348. K trvalému přílivu Židů došlo až kolem roku 1590, kdy se v Nizozemsku usadili „Marrani“, Židé vyhoštění ze Španělska a pokřtění kvůli ochraně. Zde konvertovali zpět k judaismu. Během následujících 50 let se spolu s „Hoogduitsen“ a Židy z Polska usadili v Nizozemsku další Židé. Ti první utíkali před pogromy v Porýní, ti druzí před Kozáky. Tyto dvě aškenázské skupiny se brzy smísily, protože měly společný jazyk v podobě „jidiš“. Bohatší tzv. „Portugalci“ však dlouho tvořili samostatnou komunitu, která existovala až do emancipace Židů v roce 1796.
V Nizozemsku nebyly nikdy vydány žádné obecně platné židovské předpisy. Každé město se samo rozhodovalo, zda Židy přijme, a jakmile je přijalo, byla jim poskytnuta náboženská svoboda. Ghetta a vnější označování byly zakázány. Židovské obce byly velmi nezávislé, ale byl jim odepřen přístup do cechů. Od roku 1796 žili nizozemští Židé svobodněji než jejich souvěrci v jiných evropských zemích. Aktivně se podíleli na obchodu a usazovali se především na západě země, v Amsterdamu, Rotterdamu a Middelburgu, méně často na jiných místech. Zatímco Aškenázové, kteří brzy tvořili většinu, mluvili jidiš, Sefardové mluvili portugalsky a jako spisovný jazyk používali španělštinu. Portugalská komunita měla silné a bohaté jádro. Portugalští obchodníci byli začleněni do mezinárodní obchodní sítě a hráli významnou roli v prosperitě tzv. zlatého věku. Hráli důležitou roli v cukrovarnictví, broušení diamantů a v hedvábnictví a tabákovém průmyslu.
Jejich aškenázští souvěrci byli většinou chudí a provozovali drobné živnosti, obchod s dobytkem a jatka. Po roce 1770 byly po celé zemi roztroušeny stovky malých židovských obcí. V průběhu 18. století došlo k velkému pokroku v asimilaci a většina Židů přijala nizozemštinu. Přestože se Židé stále více zapojovali do společenského života v Nizozemsku, zůstávali samostatnou skupinou. To pravděpodobně souviselo i se zvláštní nizozemskou sociální strukturou, kterou lze označit jako „pilířizaci“. Nizozemské obyvatelstvo bylo rozděleno do skupin (pilířů) podle náboženské nebo politické příslušnosti. Existovaly zde protestantské, katolické, socialistické a liberální pilíře, každý s vlastními novinami, stranou, školami a spolky. Židé nikdy nevytvořili vlastní pilíř, ale přesto měli vlastní noviny. Holandští Židé se cítili být Holanďany a sionistické hnutí nemělo v Holandsku nikdy mnoho příznivců. Pouze asi tři procenta nizozemských Židů byli sionisté.
Ve druhé polovině 19. století došlo k další vlně přistěhovalectví Židů, kteří uprchli před pogromy v Haliči, Litvě a Polsku. Své místo našli v početném židovském proletariátu, který tvořil 60 % amsterdamské židovské populace.
Poslední předválečné sčítání lidu v roce 1930 napočítalo téměř 112 000 příslušníků židovské víry. V té době klesala židovská porodnost a židovská populace stárla. 82 % Židů žilo v provinciích Severní a Jižní Holandsko a 59 % všech Židů v Holandsku žilo pouze v Amsterdamu.
Po nástupu národních socialistů k moci v Německu se situace změnila. Mnoho židovských uprchlíků z Německa využívalo Nizozemsko jako tranzitní zemi, ale mnozí se zde také usadili. Předpokládá se, že přibližně 24 000 německých Židů zůstalo v Nizozemsku delší dobu. Holandsko bylo pro německé Židy velmi přitažlivé: bylo blízko domova, jazyk byl podobný němčině a mnozí měli v Holandsku známé nebo příbuzné. V nově vybudované čtvrti Nieuw Zuid vznikla německá kolonie s vlastními kabarety a dvěma nakladatelstvími. Němečtí Židé se v Nizozemsku většinou rychle prosadili, i když ne vždy budili sympatie. Holanďanům se nelíbilo to, co bylo na německých Židech židovské, ale to, co bylo německé.
Přesto se jim dostalo pomoci. Již v roce 1933 založil sionista a profesor antiky David Cohen „Comité voor Joddsche Vluchtelingen“ (Výbor pro židovské uprchlíky). Příliv uprchlíků se zvýšil po říšské noci pogromů v roce 1938. Jen mezi 10. a 30. listopadem 1938 dorazilo do Nizozemska dalších 7 000 až 8 000 uprchlíků. Nizozemská vláda začala zastavovat příliv uprchlíků, střežit hranice a posílat židovské uprchlíky zpět, přestože jim hrozily koncentrační tábory v Německu. Na podzim 1938 se nizozemská vláda rozhodla zřídit sběrné tábory pro nově příchozí uprchlíky, z nichž největší byl tábor Westerbork v odlehlé provincii Drente. Dne 9. října 1939 bylo do Westerborku posláno prvních tisíc židovských mužů německého a rakouského původu. Muži byli zaměstnáni na okolních rašelinných polích. Vězni v táboře byli špatně ubytováni a stravováni. Když 10. května 1940 obsadila Nizozemsko německá vojska, zjistila, že část židovského obyvatelstva je již „koncentrována“.
