Na pravé straně budovy, směrem k Pražské bráně, byly v období věznice gestapa stáje, v nichž se mimo jiné chovala hospodářská zvířata (koně, hovězí dobytek, ovce, prasata) přivezená ze zničených Lidic do Terezína pro potřeby důstojníků SS.
Terezínská věznice gestapa byla tranzitním zařízením. Odtud byli vězni odváženi k soudům, do věznic, káznic a koncentračních táborů. Přibližně 17,5 procent osob vězněných v Malé pevnosti bylo odtud propuštěno. Zpravidla se jednalo o osoby, které si musely odpykat krátkodobý trest věznění za pracovní přestupky nebo které onemocněly tuberkulózou. Více než 20 % z nich bylo předáno nacistickým soudům, stovky z nich byly odsouzeny k trestu smrti a popraveny. Dosud bylo zjištěno 466 takových případů. Zhruba 20 procent vězňů Malé pevnosti bylo posláno do dalších koncentračních táborů, do Mauthausenu, Buchenwaldu, Osvětimi, Flossenbürgu, a pokud se jednalo o ženy, tak do Ravensbrücku, kde mnozí přišli o život. Mnoho transportů směřovalo do jiných věznic, např. do Drážďan, Bautzenu, Zwickau, Bayreuthu, Waldheimu, Straubingu, Ebrachu a Berlína.