Spojenci se již během války dohodli, že válečné zločince postaví před mezinárodní soud nebo je předají k potrestání státům, na jejichž území se zločinů dopustili.
V Československu byly zřízeny mimořádné lidové soudy, které soudily válečné zločince a jejich komplice. Před těmito lidovými soudy se museli zodpovídat státní tajemník a pozdější říšský ministr K. H. Frank, zástupce říšského protektora Kurt Daluege, velitel pankrácké věznice v Praze a další.
V Litoměřicích zasedal také Mimořádný lidový soud, který soudil příslušníky policie, gestapa a SS, kteří pracovali ve věznici gestapa v Malé pevnosti Terezín.
Veliteli věznice gestapa, hauptsturmführerovi Heinrichu Jöckelovi, se zpočátku podařilo uprchnout. V Bavorsku byl zatčen americkými úřady a vydán do Československa. Jöckel byl souzen, odsouzen a popraven v Litoměřicích. Během procesu byl uvězněn v cele I. dvora.
K trestu smrti byli tímto soudem odsouzeni a popraveni Wilhelm Schmidt (zatčen v roce 1946, popraven 12. listopadu 1946), dozorci R. Burian, A. Neubauer a vedoucí popravčího komanda L. Lewinsky. Dozorce Theodor Hohaus byl na základě svědeckých výpovědí zproštěn viny. Dozorce Sternkopf nebyl nikdy obviněn ani postaven před soud.
SS-Oberscharführer Stefan Rojko, známý jako „terezínský kat“, jemuž soud přisuzoval přibližně 200 trestných činů zabití, žil zpočátku beztrestně a nebyl vydán z Rakouska do Československa, kde byl v nepřítomnosti již odsouzen k trestu smrti. V roce 1963 byl v Rakousku souzen, odsouzen na doživotí a v roce 1975 propuštěn. Dozorce Storch spáchal ve vězení v roce 1945 sebevraždu, dozorce Burian v roce 1974. Další zločinci, jako například H. Mende, zůstali nepotrestáni, přestože byli již v roce 1948 odsouzeni mimořádným lidovým soudem v Litoměřicích k trestu smrti. V roce 1969 byl v NDR souzen a popraven SS-Oberscharführer Kurt Wachholz, který žil do té doby nepoznán v NDR.
Anton Malloth, kterého se vězni obávali jako „fešáka Toniho“ a který měl na svědomí smrt mnoha vězňů, byl v roce 2001 postaven před soud a odsouzen na doživotí. Desítky let žil nerušeně v Itálii a ve Spolkové republice Německo.
V prosinci 2000 byl v Ravensburgu souzen bývalý SS-Untersturmführer Julius Viel, který byl v roce 2001 odsouzen na doživotí. Jako příslušník zpravodajské školy SS v Litoměřicích zastřelil bezdůvodně několik vězňů z věznice gestapa v Malé pevnosti, kteří byli nasazeni ke stavbě protitankových zákopů mezi Terezínem a Litoměřicemi. Viel, který u soudu tyto vraždy popřel, byl v dubnu 2001 odsouzen ke dvanácti letům vězení.