V posledních měsících války se počet vězňů umístěných v celách stále zvyšoval. Mizerné hygienické podmínky, špatná výživa, nesnesitelná stísněnost a obtížný hmyz napomáhali rozvoji epidemií. V polovině dubna 1945 lékaři na ošetřovně zjistili, že mnoho vězňů trpí horečkou a únavou, a začali tuto nemoc, která byla poprvé diagnostikována v celách pracovníků „dolu Richard“, léčit jako chřipku. S rostoucím počtem nemocných, zejména na IV. dvoře, si lékaři vyžádali vyšetření krve, aby mohli stanovit přesnou diagnózu. Velitel Jöckel to však odmítl a nemocní zůstali nadáli ležet ve svých celách. Když pak německý policejní lékař Dr. Krönert tajně odebral vzorky krve a poslal je prostřednictvím německého zdravotního úřadu v Ústí nad Labem na vyšetření do bakteriologického ústavu německé univerzity v Praze, ukázalo se, že se jedná o břišní neboli skvrnitý tyfus. V té době se již nemoc rozšířila po celém táboře. 29. dubna 1945 bylo jen na IV. dvoře zjištěno 500 případů tyfu. Dr. Krönert informoval vedoucího bezpečnostních služeb a bezpečnostní služby v Praze Dr. Weinmanna a požádal o okamžité přijetí opatření. Pomoc však nepřišla. Lékař SS vyslaný do Terezína, Dr. Ratek, nařídil pouze vykopání dvou latrín a izolaci IV. dvora. 2. května dorazila do Terezína delegace zdravotnické pomoci z Roudnice. Návštěva IV. dvora jí byla zakázána. Na ošetřovně viděli stovky nemocných a umírajících vězňů ležících ve výkalech. Podle univerzitního profesora Dr. Karla Rašky, který byl v Terezíně s roudnickou delegací, byl zástupce Mezinárodního červeného kříže v ghettu Paul Dunant informován o poměrech v Malé pevnosti a požádán o pomoc. Nic se však nestalo. Teprve 4. května 1945 dostala česká zdravotnická delegace povolení ke vstupu do Malé pevnosti. Do Terezína přijeli lékaři a zdravotníci z pověření České národní rady. Narazili na děsivou situaci se stovkami nemocných, umírajících a mrtvých vězňů. Když 5. května 1945 vypuklo v Praze povstání proti okupantům, dozorci a strážní utekli a z okolních vesnic přišla pomoc. Večer 8. května 1945 projely Terezínem jednotky 1. Ukrajinského frontu na cestě do Prahy. Účinná pomoc však přišla až 11. května ze strany Rudé armády, která rychle zareagovala a poskytla lékaře a ošetřovatelský personál. 14. května byla v celém Terezíně vyhlášena karanténa. Epidemie skvrnitého tyfu si jen v Malé pevnosti vyžádala více než tisíc obětí. Pomocníkům se podařilo epidemii zastavit, ale i po osvobození umíraly v Terezíně stovky lidí na tyfus. Mnoho z nich je pohřbeno na Národním hřbitově, který byl po válce vybudován mezi Malou pevností a bývalým ghettem.