III. dvůr Malé pevnosti obývaly od června 1942 ženy. Prvními vězeňkyněmi byly žákyně roudnického gymnázia. Následně se však cely začaly rychle plnit. Nejdříve byly obsazeny tři velké kasematové cely v pevnostních valech. Na dalších samotkách byly vězněny neznámé německé ženy, které nemusely pracovat, ale měly povolen vstup na dvůr. Židovští vězni obývali velkou celu v zadní části dvora, kde byla zřízena také ošetřovna s osmi lůžky, do níž však nesměly být přijímány židovské ženy.
V židovské cele leželi nemocní mezi zdravými, nesměli pracovat a z chladné a vlhké cely vycházeli jen ráno a večer k nástupu. Dozorkyně do cely nevstupovaly, ale dávaly povely od vchodu do cely. Lékařská pomoc jim byla poskytnuta pouze tajně.
Také důvody pro zatčení žen byly různé. Důvodem zatýkání byla odbojová činnost, hospodářské delikty, politická opozice vůči nacistům, rodinné vazby na odpůrce režimu, porušování pracovní morálky, sabotáže a mnohé další důvody.
Cely byly vybaveny podobně jako cely na I. dvoře. Dozor vykonávaly dozorkyně, většinou manželky dozorců sloužících na mužských dvorech. Hlavní dozorkyní byla paní Schmidtová. Jí byly podřízeny ženy Rojková, Wachholzová, Melkuschová, Hohausová a Mendeová. Přeživší uvádějí, že podmínky zde byly rovněž špatné, vězeňkyně však nebyly bity v takové míře, jak tomu bylo v mužských dvorech.
V Malé pevnosti byly popravovány také ženy: v srpnu 1943 ošetřovatelka z ghetta, na podzim 1943 další žena spolu s jedenácti muži, v roce 1944 byla popravena Marie Silovská z Prahy, koncem října 1944 dalších osm žen, v lednu 1945 Holanďanka Marta Delhaesová a Dr. Marie Papežová, v únoru 1945 tři židovské ženy, v dubnu ruská partyzánka. Za oběť hromadné popravě padly dne 2. května 1945 Zdena Lachmanová, A. Švarcová a V. Čiperová. Poprava, která šokovala všechny vězně, byla vykonána 9. října 1944. Popravena byla Milada Pixová, která byla na dvoře oporou všech žen. Poprava byla provedena na příkaz pražské centrály gestapa a vykonal ji gestapák Schmidt. Na ženském dvoře, který je od poloviny 90. let přístupný návštěvníkům, se nyní nachází expozice o podzemním koncentračním táboře „Dolu Richard“.
Ženy byly až do léta 1943 osvobozeny od práce. Poté byly nasazovány na práci v zahradách SS v blízkosti ghetta. Větší skupina žen pracovala na polích a loukách patřících k věznici v blízkém okolí. Náročnou práci při kopání brambor nebo okopávání řepy měl na starosti brutální dozorce Storch, který téměř každý den vězně mlátil a často i ubil k smrti. Ženy, které se snažily tomuto komandu vyhnout, byly rády, když byl Storch převelen na frontu a nahrazen Neubauerem. Starší a nemocné ženy byly nasazovány v dílnách na lehké práce. Čtyři ženy patřily k úklidové četě, uklízely kanceláře, úřady a pokoje dozorců, jejichž rodiny nebydlely v Malé pevnosti. Tyto ženy měly opakovaně možnost navázat kontakt s muži, předávaly motáky, někdy i potraviny, a proto byly svými spolutrpitelkami pečlivě vybírány. Jiné ženy pracovaly jako služebné nebo kuchařky v rodinách dozorců, pomáhaly v prádelně nebo opravovaly oděvy. Výjimkou byla rodina Hohausových. Několik žen pracovalo ve stájích hospodářské budovy jako chovatelky koz nebo drůbeže, jedna v malé mlékárně, jejíž produkty byly určeny pro dozorce.
V listopadu 1944 obsadily jednu z neobydlených cel ženského dvora vězeňkyně z táborů Osvětim, Gleiwitz a Christiansstadt. Některé z těchto žen, které musely spát na podlaze bez pryčen a přikrývek, onemocněly úplavicí nebo měly omrzliny. Na Jöckelův pokyn dostávali příděly jídla pouze každé tři dny. Nedostávaly žádné léky a lékařka neměla do této cely, kterou dozorkyně Schmidtová nazývala celou smrti, přístup. Díky solidaritě ostatních vězňů vězni v cele smrti přežili. Chléb a další potraviny jim byly podávány otvorem v záchodové míse. Pětašedesát polských, jugoslávských, maďarských, francouzských a českých žen tak přežilo pět měsíců v této nepředstavitelné bídě. V dubnu se ženám podařilo prosadit odvšivení. Na podlaze odvšivovací stanice amputovala lékařka Dr. Marsyková zmrzlý pahýl nohy polské vězeňkyně.
