Do opevňovacích příkopů na severovýchodě pevnosti a k popravišti vede 800 metrů dlouhá podzemní chodba, která bývala součástí opevnění pevnosti. Mezi hradbami se nacházela bývalá vojenská střelnice, kterou gestapo od května 1943 využívalo jako popraviště. Zde prováděla popravčí komanda vytvořená z dozorců popravy na příkaz soudů, ale také svévolné popravy na příkaz gestapa. Poprav se opakovaně účastnili i vězeňští dozorci, jejichž příbuzní (podle plukovníka Svobody) mohli popravy sledovat z pevnostního valu (tzv. balkonu).
První popravou bylo zastřelení komunistického odbojáře Františka Prokopa 11. května 1943. Popravováni byli jednotlivci i skupiny, členové odbojových skupin, sovětští partyzáni, parašutisté západního i východního původu, političtí odpůrci i židovští vězni. 4. listopadu 1944 bylo v rámci „kolektivní odpovědnosti všech příbuzných“ (Sippenhaftung) popraveno devět příbuzných J. Kužely a J. Matičky, kteří se v rámci Slovenského národního povstání pokusili unést letadlo. Na tomto místě byl koncem září 1944 popraven Dr. Eppstein, druhý židovský starší ghetta. Nebylo neobvyklé, že židovští vězni odsouzení k smrti byli před popravou mučeni. Příslušníci SS, kteří zde sloužili, si s jakousi posedlostí mysleli, že musí především Židům dát pocítit stigma méněcennosti, které se na ně váže.
Vězni odsouzení k trestu smrti byli seřazeni před cihlovou zdí u hromady písku, která sloužila jako zachycovač střel. Střelci popravčí čety leželi vedle sebe pod střechou, která je chránila před sluncem a deštěm. Na tomto místě bylo v rámci likvidace nevyléčitelně nemocných popraveno několik lidí. Mnohé z těchto poprav se odehrávaly v noci, jako například zavraždění nemocných dětí z Bělostoku, které zůstaly v Terezíně a které byly v noci odvedeny ze sokolovny do Malé pevnosti.
Pouze v jednom případě byla poprava vykonána na šibenici, která stála u dělící zdi. Dnes se počet popravených ve věznici gestapa odhaduje na 250 až 300.
Poslední poprava se konala 2. května 1945. Rudá armáda již dorazila do centra Berlína, Hitler ukončil svůj život v bunkru říšského kancléřství, Třetí říše byla na prahu zániku.
Dopoledne 2. května 1945 přišli do Malé pevnosti v Terezíně úředníci gestapa z Prahy. Na IV. dvoře četli jména ze seznamu a vyzývali vyvolané vězně, aby opustili své cely a dostavili se na apelplac. Vězni byli nejistí. Na jedné straně gestapákům nedůvěřovali, na druhé straně věděli, že válka se chýlí ke konci, a mnozí očekávali, že se blíží jejich propuštění. Z předvolaných se přihlásilo 49 mladých mužů, z nichž většina patřila k odbojové skupině „Předvoj“ nebo ke komunistické straně. Ostatní zůstali v celách, nepřihlásili se a měli štěstí. Do cel, které byly přeplněné a zamořené skvrnitým tyfem, se dozorci a gestapáci totiž neodvažovali vstoupit. Těchto 49 mužů bylo okamžitě odvedeno na popraviště, kde byli spolu se třemi ženami zastřeleni. Jejich těla byla pohřbena mezi hradbami na severu pevnosti. Jména zde zavražděných vězňů jsou uvedena na pamětní desce, která se nachází v centrální části Národního hřbitova.
